Die Molukkenfächergarnele benötigt ein gut eingefahrenes Aquarium mit stabilen Wasserwerten und einer konstanten Strömung.
Besonders wichtig sind erhöhte Sitzplätze wie Wurzeln, Steine oder Pflanzenbereiche, die sich direkt im Strömungsbereich befinden. Dort verbringen die Tiere einen Großteil ihrer Zeit.
Da die Garnelen Nahrung aus dem Wasser filtern, benötigen sie feine Schwebstoffe und Mikroorganismen. In sehr sauberen Aquarien empfiehlt sich die regelmäßige Zufütterung von Staubfutter oder speziellem Futter für Filtrierer.
Die Haltung in kleinen Gruppen wird empfohlen. In Gruppen zeigen die Tiere häufig ein natürlicheres Verhalten und wirken insgesamt aktiver.
Mit Zwerggarnelen, Schnecken und friedlichen Fischarten lassen sich Molukkenfächergarnelen problemlos vergesellschaften. Auf aggressive oder räuberische Arten sollte verzichtet werden.